Século XXIV. A Federação está sendo atacada pelos Borgs, uma raça cibernética que faz um processo de "assimilação" em seus prisioneiros para transformá-los em um deles. Como o capitão Jean-Luc Picard (Patrick Stewart) tinha sido um prisioneiro dos Borgs, lhe é ordenado que não participe da batalha. Porém Picard não pôde resistir e ordena que sua Enterprise-E nova em folha participe do combate, o qual vence de forma incontestável. A Enterprise segue a única nave Borg que sobrou através de um túnel do tempo, que vai parar em meados do século XXI. É nesta época que os Borgs tentam conquistar a Terra, tendo como alvo o trabalho do inventor da velocidade dobra (mais rápida que a luz) Zefram Cochrane (James Cromwell), que tornou as viagens interplanetárias possíveis. Assim a tripulação da Enterprise tenta evitar que os Borgs interrompam o trabalho de Cochrane e sua assistente Lily (Alfre Woodard). Resumindo, os Borgs querem intervir no passado e assim afetar o futuro, acreditando que desta maneira podem impedir que os humanos façam o primeiro contato com uma civilização muito evoluída.
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